肛门一阵一阵的痛，可能是以下原因：

1.肛裂。排便时干硬粪便直接刺激和摩擦溃疡面、撑开裂口，造成肛门剧烈疼痛。导致肛门内括约肌阵发性痉挛，而引起肛门一阵一阵的痛。

2.肛周脓肿。肛周局部出现红肿和疼痛，有时会出现跳痛，引起肛门一阵一阵的痛。

3.肛窦炎。肛门内肛窦处出现了充血、水肿和疼痛，伴有肛门坠胀感。便后由于肛门疼痛，可引起肛门内括约肌痉挛，会出现肛门一阵一阵的痛。