对于食管吻合口溃疡的治疗方法和消化性溃疡的治疗方法是一致的。

临床上多建议使用三联或四联疗法进行对因对症治疗，其中包括制酸剂、胃黏膜修复剂以及抗生素类的药物；制酸剂可以选择奥美拉唑胶囊、兰索拉唑胶囊、雷贝拉唑胶囊等一些质子泵抑制剂。

胃黏膜修复剂可以选择铝碳酸镁、硫糖铝等药物。

如果经过检查患者存在明显的幽门螺旋杆菌感染情况，可以使用青霉素类、林可酰胺类或硝基咪唑类的抗生素进行抗感染治疗，治疗期间患者要对溃疡以及食管原发疾病进行复查，注意清淡规律饮食。