临床上对于吻合口溃疡的治疗和一般的消化性溃疡的治疗原则是相似的，多建议使用三联或四联疗法进行治疗。

如果经过检查患者存在明显的幽门螺旋杆菌感染，在使用制酸剂和胃黏膜修复剂治疗的同时，需要配合一种或两种抗生素类药物杀灭幽门螺旋杆菌。

吻合口溃疡的发生多考虑和患者进行胃部或十二指肠手术后，伤口部位的黏膜抵抗力下降有关。所以在治疗吻合口溃疡的同时，对于患者的原发疾病也需要进行复查。

治疗期间患者要注意清淡、规律饮食，避免着凉，忌烟忌酒。