巧克力囊肿怀孕的几率大约为50%左右，所以不孕不育的女性也高达50%左右。

巧克力囊肿之所以影响怀孕，是因为这种疾病影响卵巢功能，导致卵泡发育障碍，从而排卵困难。另外，巧克力囊肿还会引起盆腔粘连，导致输卵管与卵巢广泛性粘连，从而引起输卵管扭曲、堵塞，以及蠕动异常。

巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，它会产生很多非感染性的炎症因子，从而对盆腔和宫腔的微环境造成很大的影响，这样也不利于受精卵的着床。当巧克力囊肿的患者合并不孕不育，要根据年纪、不孕不育的年限，以及男方的身体状态，选择手术治疗或者试管婴儿。