巧克力囊肿怀孕的几率很低。因为属于子宫内膜异位症的一种，会影响到女性卵巢的排卵功能。

如果巧克力囊肿比较小可能会怀孕，但是怀孕之后在雌激素的作用下，囊肿会变大，也会影响到胎儿发育或是出现流产等意外。如果巧克力囊肿比较大，就会影响到正常的月经和排卵，从而影响受孕，受孕的几率就会很小。

所以检查出有巧克力囊肿要及时的进行治疗，一般建议及时通过手术的方法来治疗，手术后还需要配合使用药物避免复发，等治愈以后再怀孕比较好。