右耳根后面阵痛有以下的原因：

1.有可能与急性外耳道炎、外耳道疖肿所导致的有关系。上述疾病可以导致局部出现充血、肿胀，压迫局部的神经可以出现阵痛的表现。

2.有可能与急性腮腺炎、急性淋巴结炎有关系。这种炎症性疾病压迫周围的神经也可以出现疼痛感，临床上做耳后彩超检查能够进行大致的诊断。

3.有可能与扁桃体周围脓肿、扁桃体周围炎、咽旁脓肿等咽部的疾病有关系。上述疾病疼痛放射到耳根后面，也可以出现阵痛的表现。

4.神经痛。这种神经痛临床上检查没有发现炎症、肿瘤等相关的疾病，有可能与上火、精神焦虑等诱因有关系，临床上大多数能够自行地缓解。