先天性睾丸萎缩的病人要视具体的情况，选择个性化的治疗方案。引起先天性睾丸萎缩最常见的病因是隐睾。隐睾的患者如果发现过晚，可以导致患侧睾丸出现萎缩，坏死、癌变等。所以隐睾要及时诊断、治疗，避免并发症的出现。

隐睾的患儿在出生后6-12个月是睾丸下降固定术的最佳时间，如果12个月后其发生并发症的风险增加。隐睾可采取药物治疗，也可采取手术治疗。

对于青春期发现的隐睾要将睾丸予以切除，即便行固定术也不能降低睾丸发生恶变的几率。