生殖道衣原体感染是最常见的尿道以及宫颈感染。但实际上，女性衣原体感染能够涉及到整个泌尿系统以及生殖系统。这种感染的特点是具有潜伏期，并且症状表现并不是非常明显。

常常导致忽视治疗从而导致不孕。女性患者多见于子宫颈为中心扩散的生殖系炎症。多数无明显自觉症状，少数重症病人有阴道坠感。当感染扩散尿道时，尿频、尿急是引起别人注意的主要症状。感染局限在子宫颈，表现为白带增多、混浊子宫颈水肿充血或表面糜烂。感染扩及尿道表现为尿道口潮红充血及尿道可有少量分泌物外溢，但很少有压痛出现。