目前仍然不十分清楚。目前有一些学说是认为子宫内膜异位症与下列因素有关：

首先，是种植学说，这一理论认为异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，并且种植和生长，常见的传播途径有经血逆流、医源性种植、淋巴传播和血管传播等。

主流观点认为经期妇女的子宫内膜腺上皮和间质细胞可以随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和盆腔抚摩。并且在该处继续生长和蔓延，形成盆腔子宫内膜异位症。

体腔上皮化生学说，这个学说认为异位内膜细胞来源于盆腔抚摸的体腔上皮化生，也就是高度化生潜能的体腔上皮受到卵巢激素、经血以及慢性炎症刺激以后被激活，而转化为内膜组织。

因其组内膜的原因学说有很多，目前仍然没有统一的结论。