苦瓜根具有清热解毒的作用，可以用来治疗扁桃体发炎。

苦瓜根内含有苦瓜甙，具有抗病毒的作用，可以用来治疗呼吸道感染，还可以用于治疗各种热病，对于痢疾也有一定的作用。发生急性扁桃体炎的患者适当的口服苦瓜根，可以从一定程度上减轻患者的症状。

但是有些患者的扁桃体发炎比较重，可能是急性化脓性扁桃体炎，单纯口服苦瓜根不能有效的缓解病情，还需要同时给予敏感的抗生素，可以将苦瓜根作为辅助的治疗。