虹膜囊肿是由于眼球穿通伤或内眼手术后，结膜或角膜上皮通过伤口进入前房，种植于虹膜并不断增生导致。

虹膜囊肿切除手术本身对眼部也有一定的损害，若手术过程中结膜或角膜上皮进入前房，种植到角膜，可能导致虹膜囊肿复发。

另外手术操作时切口应足够大，并且操作时宜轻柔，以免损伤晶状体，引起晶状体纤维肿胀，发生继发性白内障，手术过程中角膜损伤，术后可能导致眼干等并发症。