男性阴茎根部发生溃疡时，病情是较为严重的，需要立即予以对症治疗，但是在治疗之前需要明确导致溃疡的病因，这样治疗才能有针对性，不会延误病情，临床常见的病因有以下几种可能：

1.由于阴茎根部皮肤细菌感染所导致的局部破溃形成溃疡，可继发于外伤、毛囊炎等疾病，这种情况下治疗上应选择敏感抗生素积极抗炎治疗，并对溃疡进行消毒、清洁换药等对症处理。

2.梅毒所引起的阴茎根部溃疡，是由于梅毒螺旋体感染所引起，具有传染性，患者需要做好自我隔离，并予以长效青霉素肌注治疗，患处仍然需要消毒、清洁换药处理。

建议患者及时到泌尿外科及皮肤性病科就诊，完善相关检查以明确诊断，生活中患者需要禁忌性生活，防止配偶传染。