毛霉菌病预后比较差，且有着非常高的死亡率，多是由于免疫力低下引起的。但是只要发现及时，症状不严重，也是可以治好的。不过不排除有一部分患者发病之后引起血栓形成，这种情况治愈的可能性比较小。若病情严重，3~30天内就会发生死亡的严重后果。

在临床上并没有特效药物可以用于治疗毛霉菌病，因此患病之后需要积极采取抗真菌药物治疗。

如果是局限性的慢性肺部病灶，可以采取肺叶切除治疗。除此之外，也可以通过中医的方式进行联合治疗，也有助于控制病情，提高免疫力。