韦格纳肉芽肿性巩膜炎的病因还不清楚，近年的研究认为可能与T细胞介导的迟发型超敏反应，其发病机制主要是免疫复合物、抗血管内皮细胞抗体介导的淋巴细胞和抗溶酶体抗体介导的免疫损伤。

淋巴细胞介导的损伤，可导致肉芽肿形成离合性T细胞和巨噬细胞，对软组织损伤有较大影响，也被认为是对未知吸入抗原的过敏反应，导致呼吸道肉芽肿性炎症、血管炎、血清IgA和IgG升高以及全身血管和器官受累。

眼部受累是由邻近的眶周和上呼吸道病变引起，而孤立的局限性韦格纳肉芽肿性巩膜炎，是由局部坏死性血管炎引起。