韦格纳肉芽肿性巩膜炎应该看眼科葡萄膜炎专业门诊。可以去风湿免疫科确诊。韦格纳肉芽肿性巩膜炎是病因不明的全身性疾病，其特征是上下呼吸道肉芽肿性炎症、坏死性血管炎、肾炎、巩膜炎、葡萄膜炎等。通过血常规检查、血沉快、类风湿因子阳性、C反应蛋白升高、抗中性粒细胞跑浆抗体阳性、X线提示上下呼吸道感染、炎症，尿常规检查细胞管型尿蛋白、巩膜炎通过裂隙灯检查、超声生物显微镜检查，就可以明确诊断。