凌晨三点牙疼可以吃消炎药，同时也可以服用止痛药物止痛。

牙疼可能是出现了炎症，且正处于炎症的急性期内，出现这种情况，可以服用抗生素抗感染治疗。因口腔感染多为厌氧菌，故可以使用甲硝唑、头孢等抗生素抗感染治疗。若疼痛明显严重影响入睡，可酌情使用止痛药物，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。

当出现牙疼的症状时，应注意保持口腔卫生，进食后要及时漱口。若疼痛明显应及时就诊，根据医生的建议选择合适的治疗方式，可以考虑拔除患牙，有效预防感染的反复发作。