如果单纯的出现大便，大便性状正常，没有腹痛症状，多属于正常的生理现象，不需要担心。

凌晨三点大便上厕所也有可能是吃的太饱，吃的过于油腻或者是吃了不干净的食物导致的。

另外夜间睡觉没有盖好被子，或者是吹空调的时间太长，也会引起肚子不舒服，出现拉肚子的症状，甚至患有慢性的肠炎、小肠、大肠的炎症以及肠易激综合征、肠道肿瘤的患者，也有可能会出现肚子不舒服的症状，出现上厕所。

如果出现经常性的大便，需要进一步检查，明确病因后针对性的治疗。