引起结肠闭锁的原因，主要考虑是先天性的胚胎发育的异常。在肠管发育的过程中，在管化的时候，部分的肠道提前终止发育，所以部分肠管没有形成管道，就会堵塞或者完全闭锁。

此外，如果在胎儿的时候肠管出现肠扭转、肠套叠，或者是腹膜炎引起肠粘连、肠绞窄、肠穿孔、腹腔内疝，有的肠系膜血管发育畸形。这些原因导致肠管出现血运障碍，从而会出现肠坏死或者炎症组织增生，就会引起肠管狭窄，甚至闭锁。

结肠闭锁发生率非常低，多见于横结肠，一般孕妇进行常规的产检可以检查出来。