先天性十二指肠闭锁治疗，主要通过手术治疗为主。

在手术之前需要给患者进行禁食，插胃管给予开放静脉通道，随时进行补液治疗。同时需要预防感染以及水电解质紊乱，给予抗生素和补充电解质。如果排除肠扭转、肠旋转不良时，可以选择手术治疗。

手术将十二指肠吻合，或者是将十二指肠和空肠进行吻合。手术以后继续留置胃管以及补液治疗，直到病人的胃肠功能恢复。

手术的方法选择需要根据闭锁的位置、时间、严重的程度、性质等综合进行考虑。当小儿发生先天性的十二指肠闭锁时，需要及时到医院就诊治疗。