先天性十二指肠闭锁一般吃药并不能够治疗，通常需要采取手术治疗。对于先天性的十二指肠闭锁，一旦确诊之后，最好能够立即做手术治疗，否则容易导致病情加重，而且可能会导致患者有生命危险。

一般在准备手术的同时，需要纠正目前患者的其他问题，也就是相关的并发症。例如电解质紊乱、脱水等情况，并且可以预防性地给予抗生素以及维生素等治疗。

手术的方法主要和目前的病情以及十二指肠闭锁的程度等有很大的关系，因为每一种病因对应的治疗方法也不同。手术也有可能会存在一定的危险，因此手术后仍然会有一定的并发症出现，甚至有死亡的情况。