有时感染轻或消退后、脓液减少或消失、瘘管管壁纤维组织增生，会使瘘管发生堵塞，瘘管会暂时封闭，外口也会封闭。

间隔一段时间后再次出现感染加重、脓液会增多、外口周围会出现局部胀痛和跳痛。由于外口闭合，有时脓液会向周围间隙扩散，形成新的肛瘘，由简单的肛瘘变为复杂肛瘘。

所以瘘管发生堵塞再次感染，外口处出现红肿、疼痛时，要及时切开外口处，引出脓液或者手术治疗，防止脓液向周围间隙扩散。