肛瘘瘘管堵塞了很疼：

首先，需要使用广谱抗生素控制瘘管内的感染，例如使用左氧氟沙星静脉滴注，症状严重的患者需要联合使用抗生素，增加抗炎效果。

其次，可以将患者肛瘘外口扩开引流，使瘘管内的感染物质能从外口引流出来，可以迅速缓解疼痛症状。

再次，部分患者也可以通过手术彻底治愈肛瘘。

肛瘘瘘管堵塞伴有剧烈疼痛，是因为瘘管内出现了急性感染，堵塞导致瘘管内脓液积聚，无法排出而引发疼痛症状。可以选择以上几种治疗方法缓解症状或者治愈肛瘘。