肛瘘和肛裂有明显的不同，肛瘘是肛管内肛窦感染，感染沿肛周组织蔓延，在肛周皮肤上形成脓肿，破溃后或切开引流后，形成肛瘘。

肛瘘发生在肛周，肛窦处形成内口，皮肤破溃处形成外口，脓腔形成瘘管。肛瘘的主要症状是流脓、瘙痒和疼痛。肛瘘只有通过手术才能治愈。

肛裂是在肛管后正中或前正中发生的纵行溃疡，形成肛裂的主要原因是内括约肌痉挛、感染因素和损伤因素。肛裂的主要症状是肛门剧烈性疼痛，伴有便血和便秘。