患者在睡觉休息的时候，出现肩膀部位疼痛，很有可能是以下的原因造成：

首先，出现肩膀部位的疾病。当肩膀有肩袖撕裂或者发生肩周炎的时候，可能在晚上睡觉的时候出现肩膀部位的疼痛。要及早进行肩关节的拍片检查，进行及时诊断和治疗。

其次，也有可能出现颈椎病。当颈椎病发展严重的时候出现压迫神经，在睡觉休息的时候，由于颈椎的姿势不对，或者是颈椎受到一定压迫，可能会出现压迫神经，从而出现肩膀部位的疼痛。要及时对颈椎部位进行CT和核磁的检查，进行诊断。

最后，有可能出现筋膜炎。筋膜炎的患者可能在晚上睡觉的时候，由于肩膀受压，从而导致出现疼痛。