睡觉起来肩膀酸痛可能与以下几种因素有关：

1.如果在睡觉时没有做好保暖措施，导致肩膀部位受凉，就容易导致肩膀部位出现酸痛的症状，应当对局部进行热敷和按摩，通常会很快恢复正常。

2.如果患者本身存在肩周炎疾病，在睡觉时导致肩部受到了压迫或者是睡觉姿势不正确，有可能会导致肩周炎发作，就会引起肩膀酸痛以及肩膀活动受限的症状。

3.如果在白天时进行了肩扛重物的工作，导致肩膀部位的肌肉过度劳损，也容易在第二天早晨出现肩膀酸痛的症状。