大便出血肛门疼痛，首先就是建议患者先到正规医疗机构肛肠科进行检查。通过肛门局部的望诊、触诊、肛门镜的检查，一般就可以初步地明确诊断。诊断明确以后，根据引起疼痛的具体原因和疾病进行治疗。

如果疼痛出血是由于肛裂的因素，可以使用中药进行泡洗，同时可以使用硝酸甘油软膏促进肛裂裂口愈合。如果是陈旧性的肛裂，可以通过手术进行治疗。如果是内痔发生了脱出，并且伴有血栓的形成。原则上可以先进行手法的还纳，把脱出的部分送回到肛门里面，然后配合痔疮膏和痔疮栓进行对症的治疗，效果不理想，特别是有缺血坏死的情况下，可以考虑通过手术进行治疗。

另外，如果是由于肛窦炎、肛乳头炎等疾病引起，一般也是通过肛门位置的药物治疗为主。