肛瘘手术的费用和手术方式，以及住院时间有很大的关系。一些肛瘘用生物材料封堵的手术，由于生物材料非常贵，有些甚至要上万块，所以其总的治疗费用就非常高，可以达到2万以上。

而肛瘘最常用的是肛瘘切开或者肛瘘切除，还有高位肛瘘的挂线术，对低位肛瘘行肛瘘瘘管切开或者肛瘘瘘管切除术，其住院时间大约是10到14天，所以总的费用大约在8000到1万块钱左右。

而对于高位肛瘘需要先挂线术，其住院时间有可能需要三周以上的时间，所以其总费用有可能要达到1万到12000以上。