肛瘘手术的费用需要结合手术医院等级、地域以及手术方式。肛瘘如果是低位肛瘘一般行肛瘘切除术或肛瘘瘘管切开术，在普通三级医院，从入院到出院，一般总费用为8000左右。但是对于高位肛瘘，由于术中需要行挂线术，而挂线的脱落时间一般在术后7到10天，所以患者住院时间会偏长，费用也会有所增加，一般从入院到出院，总费用约8000到1万左右。所以需具体结合肛瘘的类型以及严重程度，手术费上也会有所差别，但一般差距都在几千块钱之内。