肛瘘手术的费用与病情的严重程度、选择医院的级别、所在所在地区经济水平，以及术后是否有并发症等密切相关。

肛瘘是由内溃口、外溃口以及皮下瘘管组成。根据皮下瘘管与外溃口的数量，可以分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。

行手术治疗时，单纯性肛瘘和复杂性肛瘘的技术难度和手术费用差别较大，不同级别的医院，其收费标准也有一定的差距。不同经济状况的地区，其收费标准的制定差距也非常大，对肛瘘的手术费用也有比较大的影响。

另外，患者的体质以及术后是否有并发症等情况，对最终的手术费用的影响也很大。