肛瘘手术治疗费用和手术方式有一定的关系。肛瘘手术大多需要行住院治疗，因为手术需要在半身麻醉下进行，住院时间的长短和手术方式也有关系。

如果在普通三级医院，行低位肛瘘的切除术或者低位肛瘘瘘管切开术，其总的住院时间大约在一周左右，总费用大约在8000到10000左右。

而如果对于一些高位的肛瘘，由于需要行挂线术，单纯的行瘘管切开会导致患者出现肛门失禁，而挂线的脱落时间一般在术后一周左右的时间，所以其住院时间相对偏长，总费用也会有所增加，一般在10000到12000左右，具体还是应该咨询当地手术医院。