射精时会疼痛，可能是以下几种原因引起的：

第一，可能是患者有输精管炎。因为在男性射精的时候，输精管会呈现收缩的情况，如果有炎症，在射精的时候就会疼痛。

第二，患者可能是有精囊炎或者是前列腺炎。这种情况一般是因为在射精的时候，精囊和前列腺都会有收缩的症状，如果患有这两种疾病，就会引起射精疼痛。

此外，如果患者经常会出现射精疼痛，需要及时去医院做阴囊彩超检查，或者检查前列腺精囊彩超，根据检查的结果再对症治疗。患者平时多喝温水，多排尿，注意不要频繁的性生活，也不要久坐。