男性出现射精疼痛，常见的原因主要是由于前列腺、精囊、输精管、睾丸等部位，出现功能或者结构异常，在射精时就可出现射精痛。

男性生殖器器官出现炎症，比如：前列腺炎、精囊炎、睾丸炎、输精管炎等炎症疾病，均可引起在射精时，出现射精痛。

此外，尿道结石、精囊结石，以及生殖器肿瘤等疾病，由于结石和肿瘤的影响，导致射精过程出现异常，引起射精痛。少数患者，由于心理因素，情绪不稳定，焦虑、神经过敏等因素，也是引起射精痛的原因。