先天性肌缺如的原因有很多：

其中，比较常见的就是遗传性因素，主要是在怀孕期间肌肉发育异常，导致患儿出现肌缺如的情况，但对于具体的遗传方式目前是不清楚的。

其次，有可能是机械性因素，例如在怀孕期间，胎儿在孕妇子宫内因为受到物理压迫，所以导致肌肉发育异常。

另外，也有可能是因为血管性因素，在胚胎发育时期，因为肌肉滋养的血管发育不良，所以导致胎儿出现肌肉缺如，其中比较常见的就是胚胎时期锁骨下动脉供血不足导致的。