39天宝宝鼻塞的原因大致包括以下两方面：

1.考虑是生理性因素导致的。由于宝宝还比较小，鼻腔内的空间相对较狭窄，鼻腔黏膜下的毛细血管比较丰富。当室内温度过低或者宝宝受到寒凉刺激时，就容易出现黏膜水肿、出血等改变，导致鼻腔分泌物增多堵塞气道，进而宝宝出现鼻塞症状。建议家长要加强宝宝的保暖护理，要确保室内温度适宜，避免宝宝受凉刺激等。

2.考虑是因为宝宝呼吸系统感染导致的鼻塞，与细菌或者病毒感染有关。建议家长适当地给宝宝鼻腔做一下热敷，同时遵医嘱给予对症的抗感染药物，帮助缓解宝宝鼻塞症状。