慢性自身免疫性甲状腺炎又称为桥本甲状腺炎。这种疾病的病因主要是认为遗传因素和多种内外环境因素相互作用，从而引起了桥本甲状腺炎。经常发现同一家族有几代人发生这种疾病，所以这种疾病有很强的遗传易感性。另外，感染和膳食中的碘化物，是桥本甲状腺炎发病的两个环境因素。流行病学的研究发现碘缺乏或者是富含碘的地区，桥本甲状腺炎的发病率均是比较高的。另外还有实验研究也显示，碘过量可以使具有遗传易感性实验动物发生甲状腺炎。桥本甲状腺炎的发病机制是免疫调节缺陷，可能是器官特异的T淋巴细胞数量和质量的异常。细胞免疫和体液免疫也参与了损伤甲状腺。