肛瘘反复发作时，长期的慢性炎症刺激，有可能会引起部分肛门括约肌纤维化，但不会对肛门括约肌的整体功能产生明显影响。

肛瘘是肛周软组织的慢性化脓性病变，由内溃口、外溃口以及它们之间的瘘管组成。有时候范围较大的肛瘘，瘘管可能会穿过肛门外括约肌皮下部。

当肛瘘发作频繁，长期的炎症刺激会使瘘管附近的肛门括约肌产生慢性的炎症感染，逐渐出现纤维化。使该部分的括约肌失去了伸缩的功能，但一般不会对肛门括约肌的整体功能产生太大的影响。