新生儿衣原体感染血清补体试验，急性期血清效价增高4倍或4倍以上才有意义。

用免疫荧光或者酶免法测定衣原体的IgM值，如果大于1：32则提示衣原体肺炎。临床的表现在新生儿衣原体感染呼吸道时，多数会在生后1~3个月发病，可以出现咳嗽、气促，可以发热或者低热无热，双肺可以闻及湿啰音，严重的还会出现呼吸困难的表现。

部分新生儿结膜感染衣原体会出现黏液、脓性分泌物，眼睑肿胀、充血，可以通过母亲产道或者间接接触感染。所以注意护理孩子之前流水洗手，常用的毛巾在太阳下暴晒，用大环内酯类抗生素治疗有效。