新生儿衣原体感染可以通过分娩时在产道感染或者接触感染。母亲患有衣原体感染在分娩时可以通过产道感染给新生儿，可以在宫内发生衣原体感染，部分患儿通过母婴垂直传播感染结膜炎。大约20%左右会发生新生儿肺炎。

衣原体是在人体比较广泛存在的一种病原体，属于条件致病菌，尤其早产儿更容易发病。衣原体感染时衣原体抑制被感染细胞的代谢，破坏溶解细胞壁并导致溶酶体释放，代谢产物细胞毒作用引起机体的变态反应和自身免疫。

由于衣原体感染以后产生的免疫力比较弱而且持续的时间短，所以有可能存在反复感染或者持续感染，大环内酯类抗生素治疗衣原体效果好。