心源性脑血栓形成的原因主要包括心房颤动、先天性心脏病、心脏黏液瘤、心脏瓣膜病。

是由于患者心脏内腹壁血栓形成，血栓脱落后导致脑部血管血栓形成，从而引起脑血管闭塞或者导致患者脑部缺血缺氧，引起患者局限性脑组织缺血性坏死和软化，进而可能会导致患者出现脑梗死。

患者也可能是由于严重心律失常，或者是严重冠心病，引起患者心脏的泵血量减少，引起脑部低灌注而引起脑部供血不足，从而引起脑部缺血缺氧。严重时可能会引起缺氧性坏死和软化，导致脑梗死。