肛瘘的主要病因，还是由于肛管直肠周围的脓肿发生溃破或者在人为切开以后，形成瘘管以及外口的情况，和肛周脓肿属于同一个疾病的两个发展过程。

另外，肛管直肠内一些比较特殊的疾病，比如克罗恩病或者是溃疡性结直肠炎，或者有恶性肿瘤的情况，也会导致肛瘘发生。另外，就是由于肛门局部有外伤形成，造成局部感染，也会导致肛瘘的情况。

比较常见的外来因素，还包括不良的饮食习惯，比如患者长期进食辛辣刺激性的食物或者是过于油腻的食物，导致便秘或者是腹泻的情况，也是形成肛瘘较为常见的原因。再者，就是经常处于久坐、久蹲、久站的情况，过度劳累以及熬夜，烟、酒刺激都是较为常见的原因。