导致肛瘘发生的原因，一般是由于肛内的肛隐窝处发生了感染。

炎症顺着肛腺导管逐渐扩散，蔓延至肛门周围的组织内，形成肛周脓肿。肛周脓肿破溃后脓液流出，溃口逐渐愈合收敛成外口及瘘管。感染的肛隐窝处形成了内口，这就是肛瘘的形成过程。形成肛瘘之后，意味着感染逐渐减轻。

由此可见，肛周脓肿与肛瘘其实是一种疾病，只不过是两个不同的时期。要想预防发生肛瘘，就要预防肛隐窝炎。