先天性的肛门闭锁后遗症主要是由于在胎儿期，肛门并没有完全的发育出来，而出现先天性的无肛门。

出现这些问题一定要记得进行手术，防止出现后遗症。如果控制不好，在手术之后也会出现遗留肛门失禁，还有就是肛门异物感，甚至于出现肛门的狭窄。有时需要进行长期的扩张治疗，还有的需要进行肛肠袋子收集粪便，而且还是长期的应用，这就是最常见的后遗症。

这种后遗症的预防就是早期手术之后，进行排便功能的锻炼，而且还有就是防止感染。