先天性肛门闭锁手术后，后遗症还是比较多的。

一般最主要最常见也就是手术之后，可能会引起肛门排便失禁，不过一般通过术后锻炼肛门括约肌的功能，保持大便的通畅，就可以慢慢恢复正常。此外，还有一些因为手术操作失误或者其他原因，出现直肠膀胱瘘、直肠尿道瘘等严重后遗症，必要的时候，可能还需要再次手术治疗。

还有部分患儿可能因为切开不彻底，出现便秘或者排便困难的情况。术后一定要经常扩肛，每周2~3次，直到肛门没有狭窄为止。先天性肛门闭锁，一定要到正规的大医院手术治疗，以防止术后出现一些不必要的后遗症。