合并马蹄肾的腹主动脉瘤主要的危害是患者有泌尿系统合并症，如慢性肾炎、泌尿系感染、泌尿系结石等。可有慢性肾炎导致不同程度肾功能减退，病情反复发作，渐渐发展为慢性肾衰。

主动脉瘤急性破裂的患者表现为突发腰背部剧烈疼痛，伴有休克表现，甚至死亡。破入后腹膜形成血肿，腹痛及失血休克可持续数小时或数天。还可能出现心力衰竭，瘤内可能形成急性血栓，血栓脱落造成下肢动脉栓塞，十二指肠受压可以发生肠梗阻，下腔静脉受压阻塞可引起周围水肿等。