男性生殖器上长的水疱，要依据具体原因进行不同的处理。

1.出现的水疱是由于过敏引发的湿疹导致的小水疱，可以选择在水疱没有破裂之前涂抹氧化锌软膏，能够使其逐渐干瘪消退。如果已经出现破裂，可以选择使用硼酸溶液湿敷，可以使局部糜烂、渗出的症状消退。

2.男性这种小水疱是由于生殖器疱疹导致，则可以选择口服盐酸伐昔洛韦片，搭配外用喷昔洛韦乳膏，将这种症状消除。然后提高免疫力，降低这种疾病反复发作的概率就可以。