巧克力囊肿会对卵巢组织产生损伤。

引起巧克力囊肿，一般是因为子宫内膜异位到卵巢部位，在卵巢部位发生周期性类似月经样改变等。所以会引起卵巢出现周期性出血症状，导致女性出现严重痛经症状。而且，某些女性患有巧克力囊肿后，因为会导致卵巢组织受损，影响卵巢内分泌功能，所以容易出现月经不调等情况，严重的甚至会引起不孕。

所以，患有巧克力囊肿的女性，如果囊肿比较小，身体没有明显症状的情况下，暂时可以不需要治疗。只需要定期复查，观察囊肿变化情况。如果囊肿影响了卵巢内分泌功能，或者出现明显痛经症状，需要尽早手术治疗。