巧克力囊肿手术有可能会影响卵巢功能，但是随着时间的推移，卵巢功能可能会逐渐地恢复，也有可能会造成不可逆的损伤，引起卵巢功能衰退，甚至导致卵巢早衰。

因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上周期性出血而引起的，大多数会引起盆腔微环境的改变，会与周围的组织形成粘连。卵巢表面会发生实质病变，会导致排卵障碍，会引起黄体功能不足，可能在手术前就已经存在卵巢功能的损害。

巧克力囊肿手术的过程中，是将囊壁剥除，但是也可能会造成卵巢皮质的损伤，尤其是一些电损伤，这样就会影响卵巢的功能，导致术后月经异常。