巧克力囊肿是否需要切除卵巢，需要根据患者的病情、看患者的年龄以及是否有生育要求来决定。

正常情况下有卵巢巧克力囊肿的患者，多数有生育要求的，患者一般是会保留卵巢的，会将卵巢巧克力囊肿切除，保留卵巢组织，这种情况的弊病就是会出现手术后容易复发，会影响生育情况，必须根据情况积极治疗。一般有卵巢巧克力囊肿的患者是影响生育的，它会出现痛经并且呈逐渐加重趋势。术后还需要用药防止复发来进行调理。

所以，卵巢巧克力囊肿的患者多数会保留部分的卵巢组织，保护卵巢的功能。