诊断原发性免疫缺陷病，首先是进行病史和体检。例如患儿是否有严重的麻疹或者水痘病程，有无过敏性疾病、自身免疫性疾病和肿瘤。第二是进行体格检查，例如严重或者反复感染，可导致体重下降、发育滞后，营养不良。第三是进行实验室检查。原发性免疫缺陷病的确诊依靠实验室免疫学检测和基因分析结果。常用的检查包括Ig测定，抗a和抗b同族凝集素，抗链球菌溶血素o和噬异凝集素滴度，分泌型IgA水平，外周血淋巴细胞绝对计数。还可以进行胸部x线片，迟发皮肤过敏试验，基因突变分析和产前诊断。