慢性疲劳综合征和亚健康是不一样的。慢性疲劳综合征也不是亚健康的一种类型，二者的主要联系在临床症状上有相似之处，但是二者是完全不同的疾病。

首先，慢性疲劳综合征在临床上有明确的诊断标准，而亚健康目前在国际上尚无统一的诊断标准。

其次，亚健康的患者虽然有诸多临床表现和主观感受，但是在检查方面往往无明确的阳性体征。而慢性临床综合征的患者主要与心理因素、病毒、感染等因素有关。